新古典經(jīng)濟(jì)學(xué)企業(yè)理論存在很多缺陷。首先，同古典廠商理論一樣，新古典經(jīng)濟(jì)學(xué)企業(yè)理論也沒(méi)有探討企業(yè)產(chǎn)生的原因，而只是把企業(yè)默認(rèn)為一種外生的客觀存在。其次，新古典經(jīng)濟(jì)學(xué)企業(yè)理論強(qiáng)調(diào)企業(yè)的生功能，因此又被稱(chēng)為生產(chǎn)理論。新古典經(jīng)濟(jì)學(xué)企業(yè)理論對(duì)企業(yè)的過(guò)分抽象剝離了現(xiàn)代企業(yè)除生產(chǎn)之外的其他功能，同時(shí)也忽視了企業(yè)內(nèi)部的組織關(guān)系，這些不足直接導(dǎo)致該理論遠(yuǎn)遠(yuǎn)脫離現(xiàn)代企業(yè)的存在狀態(tài)。最后，新古經(jīng)濟(jì)學(xué)企業(yè)理論的所有分析都是建立在眾多苛刻的假設(shè)基礎(chǔ)上的，如經(jīng)濟(jì)人”假設(shè)、完全信息假設(shè)等。只有當(dāng)這些假設(shè)都得到逐一滿(mǎn)足時(shí)，市才實(shí)現(xiàn)均衡，任何一個(gè)假設(shè)一旦得不到滿(mǎn)足，這一理論體系就是完全無(wú)效的。由此可見(jiàn)，看似縝密的數(shù)學(xué)推導(dǎo)和計(jì)算結(jié)果都禁不起現(xiàn)實(shí)的推敲。

因此，新古典經(jīng)濟(jì)學(xué)關(guān)于企業(yè)的“黑箱”理論雖然一度成為微觀經(jīng)濟(jì)學(xué)的主流思想，但是嚴(yán)格苛刻的假設(shè)條件和論證過(guò)程使其理論偏離現(xiàn)實(shí)較遠(yuǎn)，而且該理論并沒(méi)有深人探究企業(yè)的本質(zhì)。正是新古典經(jīng)濟(jì)學(xué)企業(yè)理論的這些不足，激勵(lì)著眾多經(jīng)濟(jì)學(xué)家不斷質(zhì)疑和反思，才促成了企業(yè)理論的完善和發(fā)展。